Puedo hacer esto reemplazando una batería a la vez, eso no es un problema
Sí, es una buena idea. Otra alternativa es conectar las dos baterías nuevas y, luego desconectar las viejas. Dado que las baterías están en paralelo, no importa si agrega una nueva (suponiendo que estén en buen estado), ya que la tensión de alimentación será aproximadamente igual.
¿Debo preocuparme por los picos al conectar los cables?
Ya que lo estás conectando en paralelo, lo más probable es que no. Dado que hay una carga en la computadora, es posible que la tensión de alimentación aumente ligeramente (debido a que la nueva batería puede suministrar más corriente con menos caída de tensión), pero nunca debe exceder el Tensión nominal de la batería. Con estas baterías de 12V, no me preocuparía.
¿Debo estar usando algo como cuentas de ferrita o diodos para proteger mis cosas?
Si algunos de los equipos causan mucho ruido de conmutación (que provoca picos o caídas de voltaje), es posible que desee incluir un diodo para garantizar que la caída de voltaje en la fuente siempre sea de 12V. Sin embargo, en la mayoría de los casos, una batería puede actuar como un diodo en sí, por lo que ya se está protegiendo técnicamente a través de la batería.