No tiene nada que esté controlando activamente la base de Q1 durante el tiempo bastante corto en que la salida del puente de onda completa está cerca de cero. Incluso la capacitancia parásita en la señal rectificada aparentemente la mantiene lo suficientemente alta como para que el transistor no se apague.
Para solucionar esto, agregue una resistencia entre la base y el emisor de Q1. No está claro qué voltaje sale de BR1, pero 10 kΩ B-E probablemente lo harán. Eso no solo apagará el transistor de forma activa, sino que también aumenta el umbral de la señal de salida BR1 donde se considera "cero".
Añadido
Usted ha agregado una resistencia de 10 kΩ en la salida de BR1. Ahora la señal de detección de cero es más una onda cuadrada.
Mirando la señal de salida BR1 podemos ver por qué, es que falta uno de los dos semiciclos. Esto significa que al menos uno de los diodos que deben conducir ese semiciclo está abierto. Como los cuatro diodos están integrados en una sola unidad, debe reemplazar el puente de onda completa. Si no tiene otro, puede hacer uno de cuatro diodos. Asegúrese de que estén calificados para la tensión de CA de pico a pico, más un margen.
Otra posibilidad es que la fuente de CA que muestra no esté realmente flotando como lo muestra. Si es la línea eléctrica, entonces se hace referencia a tierra. Eso no va a funcionar como parece que pretendes si tu circuito también está referenciado en tierra.
Abre un par de niveles y define el problema real. En este momento estamos intentando dividir lo que parece ser una implementación básicamente defectuosa. Explique qué es esta fuente de CA, qué tan cerca del cruce por cero necesita un borde de pulso, etc. Dado que esto parece ser solo un micro, no veo la necesidad de un pulso en los cruces por cero. Una ventaja sería más fácil de hacer, y tan fácil de manejar con un firmware ligeramente diferente.