El ATmega puede funcionar sin un botón de reinicio. Apagar el controlador lo reiniciará, como lo esperaba el O.P. El programador en circuito también reiniciará el controlador cada vez que se cargue un nuevo firmware.
Si se hace evidente que sería bueno tener un botón de reinicio, se puede conectar de esta manera:
Fuente: nota de aplicación de Atmel AVR042 (Consideraciones de diseño de hardware AVR) p.6
También hay un enfoque simplificado , aunque asegúrese de leer los comentarios de @vaxquis a continuación.
Dado que el circuito está construido sobre una placa de pruebas, siempre se puede tomar un cable y tocar entre RESET # y tierra. Eso llevará momentáneamente el RESET # a tierra, lo que restablecerá el controlador.