Es poco probable que dañe la pieza, pero es posible que no pueda usar la conexión con éxito o de manera útil para depurar el dispositivo. Nunca estará seguro de que está viendo un error de software o una falla de su depurador, ya que algunos modos de falla pueden resultar en una falla de la interfaz de depuración en cualquier caso.
Los problemas de integridad de la señal a menudo se pueden resolver reduciendo la velocidad de reloj de JTAG. Esto afectará el rendimiento de la carga de software y los grandes volcados de memoria o los registros de datos, pero para una simple depuración de punto de interrupción y paso a paso se mantendrá utilizable incluso a frecuencias relativamente bajas. Si ya está viendo un error del 60%, no será peor que reducir de 10MHz a 4MHz por ejemplo, y puede caer a cero. Sugiero intentar 1MHz como punto de partida. Si el rendimiento no es satisfactorio, puede intentar aumentarlo de forma incremental para determinar la tasa máxima de error libre, de manera similar, si aún sigue obteniendo errores, redúzcalo aún más.
En general, el cable JTAG debe ser lo más corto posible (< 20 cm como guía), preferiblemente el cable original del fabricante de la sonda sin adaptadores ni extensiones.
Cuando esta pregunta se publicó en SO, agregó un comentario de que la sonda era un Blackhawk USB200 - el producto tiene un adaptador de aislamiento opcional para entornos hostiles para evitar problemas de bucle a tierra. Eso puede resolver su problema por completo.
Finalmente, ¿está seguro de que la tasa de error se debe al ruido? Un error bastante común es acceder a los pines utilizados para JTAG como GPIO en el software, por ejemplo.