No es tarea de MCU controlar esos muchos LED directamente, por lo que no debería pensar en aumentar su capacidad de fuente / sumidero de MCU. En su lugar, debe hacer que los transistores de su unidad MCU que, a su vez, impulsen los LED.
Una configuración común para lograr lo que desea se llama matriz de LED, en la que tiene dos conjuntos de transistores (o controladores IC): un conjunto que controla las filas y otro que controla las columnas. En esta configuración, normalmente se multiplexan los LED en la matriz, con solo una columna encendida en un momento dado. Al mismo tiempo, encendería los LED específicos que desea en esa columna. Luego giraría cada columna y fila muy rápido para dar al usuario la impresión de que toda la matriz está activada todo el tiempo. Eso es lo que se llama multiplexing y se basa en una propiedad llamada persistencia de la visión .
En esta configuración, normalmente usaría registros de desplazamiento (como el 74HC595) combinado con arreglos de transistores Darlington (como el ULN2003A), usando un pin de salida por columna y fila. Solo necesita 3 pines para controlar los registros de desplazamiento (puede encadenarlos juntos).
Aquí hay un ejemplo más detallado sobre cómo construir una matriz de LED: