Si tu plano de poder tiene 50 tapas de desacoplamiento, y quitas una, y hay otras cerca, las consecuencias deberían ser pequeñas.
Es probabilístico: el fabricante colocó suficientes tapas para que el tablero trabaje a través de las variaciones de temperatura y proceso. Algunos lotes de chips pueden ser más sensibles al ruido que otros, los umbrales de nivel lógico pueden variar un poco, y esto también depende de la temperatura, la tolerancia del capacitor, etc.
Por ejemplo, si tuvo suerte y sus cincuenta +/- 20% de mayúsculas son todos + 10% o más, al quitar uno de ellos se le otorga una capacidad superior a la especificación.
Sin embargo, quizás el límite se usó cerca de algunas vías para permitir que la corriente de retorno de una señal de alta velocidad cambie los planos de referencia, por ejemplo. Si se elimina, la placa irradiará más, ya que la corriente de retorno tendrá que encontrar otra ruta (más larga). Probablemente seguirá funcionando bien, pero ya no cumplirá con las especificaciones de EMI.