Probablemente esté confundiendo algunos conceptos si preocuparse por los caracteres de entrada / retorno de carro parece ser una preocupación inmediata. Probablemente los problemas más grandes son:
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La mayoría de los microcontroladores pequeños / baratos / fáciles de usar que tienen una interfaz USB solo funcionan como dispositivos USB de la misma manera que lo haría su escáner USB. Normalmente, ambos estarán conectados a un host USB como una PC, por lo que no podrá conectarlos entre sí.
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Implementar un host USB completo al que se pueda conectar el escáner es bastante complejo, por lo que normalmente la forma más rápida y sencilla sería usar algo como Linux que ya ofrece una pila de host USB completa.
Basándose en algunas preguntas anteriores, parece que para comenzar debería buscar un SBC de Linux (computadora de una sola placa) que maneje el lado del host USB y también proporcione una pila de software conveniente para interactuar con el código de barras. Escáner, cámara y dispositivos de almacenamiento masivo.
Tal vez eche un vistazo a algo como una serie OLinuXino, BeagleBone, Raspberry Pi, etc. o lo que sea que SBC de Linux le dé a las interfaces que necesita para comenzar. Si la idea del proyecto despega, puedes echar un vistazo a un hardware personalizado.