Reescribí mi pregunta por completo, ya que descubrí que la fuente del problema está relacionada solo con el cambiador de nivel.
Este es el circuito para un selector de nivel bidireccional de 3.3V a 5V, que se usa con frecuencia.
Mi problema: tengo el mismo circuito y lo construí 3 veces para estar seguro.
Cuando conecto un lado (3.3 o 5V) a tierra, el otro lado también va a tierra (funciona hasta ahora).
Sin embargo, ¡dibuja corriente de 40mA!
Esto causó que mi atmega128 saturara la corriente del pin del puerto, elevando efectivamente el voltaje por encima de 0V.
Lo simulé en pspice, dice que el sorteo actual debe estar en 500uA (10k pullups).
Lo probé en 3 mosfets BSS138 diferentes, muestran la marca K38 en la parte superior (dispositivos smt) que parece estar bien (por lo que es el mosfet correcto).
No tengo ni idea, ¿por qué atrae una corriente tan alta en estado bajo?