¿Por qué VGS del MOSFET superior en cualquier tramo del puente completo cae cuando se enciende el voltaje flexible en los terminales de drenaje del MOSFET superior? 
Los medios puentes por separado funcionan perfectamente bien, pero tan pronto como los conecto no veré una salida ...
Apuesto a que usas un nivel de CC constante en la entrada para la prueba.
Esto enciende el FET superior, como debería ser. Sin embargo, el controlador superior, que necesita un voltaje por encima del riel HV para conducir la compuerta FET superior, en realidad está alimentado por el capacitor Cboost, que se llama una tapa de arranque.
El controlador superior eventualmente consumirá toda la carga en Cboost y, por lo tanto, dejará de funcionar. CBoost debe recargarse periódicamente, lo que se realiza al activar la salida BAJA (es decir, FET superior desactivado, FET inferior activado), que se produce cuando el PWM está bajo.
No puede hacer que este tipo de controlador funcione en un PWM de ciclo de trabajo del 100% (es decir, que la salida esté constantemente activada) por este motivo. Solo debe conducirlo con un valor PWM una muesca por debajo del 100%. es decir, si su contador de PWM va de 0 a 255, no exceda el valor 254.
Tenga en cuenta que el 1N4148 utilizado en el esquema explotará en su voltaje, pero como no publicó el esquema real, no me preocupa eso.
No se pretende ofender, pero según la terminología utilizada en su pregunta, sospecho que no tiene un buen conocimiento de cómo debería funcionar este circuito.
El diseño como se muestra se llama medio puente. Esto significa que solo puede hacer funcionar el motor en una dirección. Un puente completo requeriría 4 MOSFET y luego podría realizar el control direccional del motor
En este circuito, el FET superior enciende y apaga el motor. El FET inferior hace que el motor se detenga rápidamente mediante una técnica conocida como frenado por tapón (corta el EMF inducido por el motor para provocar una acción de frenado). El controlador no permitirá que ambos FET se realicen de forma simultánea, ya que esto básicamente provocaría un cortocircuito en la tensión del motor a tierra.
La conexión de suministro de voltaje del motor no se muestra claramente en el diagrama de muestra que recortó de la hoja de especificaciones. La tensión de alimentación del motor debe aplicarse en la unión del condensador de 1000 uF y el FET superior.
Para probar su circuito, mantenga "In Bottom" bajo y mantenga "In Top" arriba. Esto debería activar el FET superior y el motor girará a su velocidad máxima. Si se toma "In Top" a un nivel bajo, se debe permitir que el motor se detenga. La modulación del ancho de pulso "En la parte superior" le permitiría controlar la velocidad del motor. Para forzar un rápido frenado del motor, tome "In Bottom" alto y "In Top" bajo. Esto apagará el FET superior y luego encenderá el FET inferior para frenar el motor.
Tenga en cuenta que este diseño utiliza un condensador de arranque para controlar la conmutación del lado alto del FET superior. Debido a esto, el controlador no puede mantener el motor funcionando a la máxima velocidad en todo momento, ya que la tapa se agotará y la puerta del controlador alto se apagará. Ocasionalmente debe alternar cualquiera de las entradas de control para actualizar el límite.
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