No creo que esto sea necesariamente seguro. El Arduino Uno tiene dos opciones de fuente de alimentación: USB y a través del conector cilíndrico. Si se utiliza el conector cilíndrico, la alimentación USB se desconecta a través del comparador U5A y Mosfet T1.
+ 5V se deriva de USB (directamente) o del conector cilíndrico (a través del regulador U1).
La alimentación de + 5v directamente a las líneas de + 5V no 'disparará' el apagado de la alimentación USB. Si este es un problema para el dispositivo USB que alimenta el Arduino o no, no estoy seguro, pero no apostaría por él.
Más información aquí (pregunta similar): Arduino Uno R3: ¿Suministra directamente un pin regulado de 5V a 5V? .
Le sugiero que utilice un 'apagado' similar en la fuente de Lipo que apaga la fuente de Lipo si el USB está conectado (suponiendo que está utilizando un circuito de carga, esto no debería impedir necesariamente que se cargue a través de USB).
Lo que realmente se reduce a es '¿cómo se construye un cargador / fuente de alimentación Lipo alimentado por USB'?
Otra opción sería utilizar un cargador Lipo alimentado por USB / placa de refuerzo como la célula de potencia de Sparkfun - LiPo Charger / Booster. Básicamente, debería alimentar el Arduino utilizando la placa, utilizando la alimentación USB de la placa en lugar del puerto USB del Uno. Como Sparkfun tiene todos los esquemas para el tablero en su sitio web ( enlace ) también podría reutilizar su diseño para 'integrar 'Si con su diseño.
De manera similar, puede ver cómo lo hace Arduino Fio ( enlace ): tiene un cargador de Lipo integrado.
Por lo que puedo ver, todos estos funcionan de la misma manera: use la línea USB + 5v para alimentar el IC de carga de la batería. Luego conecte la batería al regulador de voltaje. No sería demasiado difícil modificar tu Uno para que funcione de esta manera: simplemente corta el rastreo de USB + 5V y básicamente deja caer el cargador / lipo allí.