La documentación del registro de contador de repetición nos dice que solo usa los 8 bits más bajos, por lo que el valor máximo es 255.
Para hacer lo que quieres hacer (generar una interrupción cada 1 segundo), debes usar un registro de comparación de captura que tenga 16 bits.
Todavía no he usado el contador de repetición, pero de lo que puedo reunir en una breve lectura, probablemente esté ahí para algunas cosas de control del motor en las que desea cambiar la frecuencia PWM después de un cierto número de períodos del PWM actual frecuencia.
También trata de mejorar el manejo de tus unidades. Los períodos generalmente se miden en segundos y una frecuencia dividida por otra frecuencia da un resultado sin una unidad. (Las unidades pueden ser muy útiles para verificar si ha calculado las cosas correctas)