Un LPF en la entrada podría ser un buen lugar para comenzar. El transitorio parece ser una frecuencia mucho más alta que la señal del tacómetro (pero debe asegurarse de que sea así para frecuencias de tacómetro más altas). Simplemente coloque una pequeña capacitancia en paralelo con el lado de entrada del optoacoplador y vea si mejora. Continúe agregando capacitancia hasta que el ruido desaparezca o su señal comience a desmoronarse.
Si un LPF simple no funciona (o si está degradando demasiado los bordes agradables de su señal), pruebe con un LPF seguido de un disparador Schmitt (LPF en la entrada y el disparador Schmitt podrían funcionar, pero si lo usa un disparador Schmitt que puede manejar 12V, colocándolo en el lado de entrada mantendría los bordes a través del opto-acoplador agradable y cuadrado).
Si todo esto falla, puedes intentar arreglarlo en el software: el ruido solo se produce de manera intermitente, por lo que al tomar el modo de unos pocos ciclos debería eliminarlo.